仓耀祖光和七年（184年），黄巾起义爆发，朝中公卿都推荐朱儁，说他有才略。

于是，朝廷任命他为右中郎将，持节，与皇甫嵩共同出征。

朱儁先与黄巾军波才部作战，失败。

皇甫嵩退守长社（今河南高官葛县东北）。

波才率大兵包围城。

当时，城中兵少，众寡悬殊，军中震恐。

皇甫嵩安慰部下，并打算使用火计。

天遂人愿，当晚大风骤起。

皇甫嵩命令将士扎好火把登上城墙，先派精锐潜出围外，纵火大呼，然后城上点燃火把，与之呼应。

皇甫嵩借此声势，鸣鼓冲出。

黄巾义军缺乏战斗经验，惊慌散乱，被迫后撤。

这时，曹操也奉命赶来，于是皇甫嵩、曹操、朱儁合兵，乘胜追击。

黄巾义军顽强抵抗，斩杀数万人。

接着，皇甫嵩又和朱儁一起乘胜镇压汝南、陈国地区的黄巾军，并追击波才、进攻彭脱，连连取胜，平定了三郡之地。

皇甫嵩上表朝廷，推功于朱儁，朱儁被封为西乡侯，迁镇贼中郎将。

当时南阳郡黄巾首领张曼成起兵，自称“神上使”

，拥众数万，杀郡守褚贡，屯驻宛城（今河南南阳）百余日。

继任太守秦颉击斩张曼成。

黄巾余兵又举赵弘为帅，人众越来越多，达到十几万人。

朱儁、荆州刺史徐璆和秦颉合兵一万八千人，进击赵弘，从六月直到八月，始终不能取胜。

有人建议要召朱俊回京。

司空张温上疏劝阻，他说：“当年秦用白起，燕任乐毅，都是旷年持久，才能够克敌。

朱儁讨颍川，已经有功效，率部南征，计划已定，临阵换将，这是兵家所忌的，应该给他时间，让他成功。”

灵帝依议。

朱儁于是挥兵急攻宛城，杀死赵弘。

黄巾军又以韩忠为帅，仍然占据宛城。

朱儁兵少不敌。

于是解散城围，扎下营垒，筑造土山，面对城内。

鸣鼓呐喊，摆出进攻城西南的态势。

黄巾军全都赶赴应敌。